Mỗi hệ thống thẩm thấu ngược sẽ bị ô nhiễm và cần làm sạch. Bởi vì thường không chỉ có một chất gây ô nhiễm khi ô nhiễm xảy ra, quy trình làm sạch điển hình thường bao gồm hai bước: làm sạch có độ pH thấp và làm sạch có độ pH cao.
Các chất ô nhiễm khác nhau nên được làm sạch bằng các chất tẩy rửa khác nhau. Làm sạch bằng kiềm chủ yếu được sử dụng để loại bỏ vi sinh vật hoặc chất ô nhiễm hữu cơ, và làm sạch bằng axit chủ yếu được sử dụng để loại bỏ cặn. Chất làm sạch nên được lựa chọn theo loại chất ô nhiễm và loại màng để tránh làm hỏng màng.
Trình tự sử dụng các chất tẩy rửa nên được xác định theo các vấn đề thực tế. Trình tự làm sạch thông thường là rửa axit trước, sau đó rửa kiềm.
Trong một số trường hợp, nếu ô nhiễm chủ yếu là chất hữu cơ hoặc vi sinh vật, có thể tiến hành rửa kiềm trước, sau đó rửa axit, sau đó rửa kiềm.
Lý do quan trọng để thực hiện rửa kiềm ở bước cuối cùng là nó có thể mở hoàn toàn các lỗ màng sau khi tẩy, để khôi phục dòng sản xuất nước.
