Hệ thống màng dựa trên cơ sở thiết kế là hoạt động liên tục, nhưng trong hoạt động thực tế, sẽ luôn có một tần suất khởi động và tắt máy nhất định.
Khi hệ thống màng ngừng hoạt động, nước thấm hoặc nước đã xử lý sơ bộ phải được sử dụng để xả áp suất thấp để thay thế nước đậm đặc có nồng độ cao nhưng có chứa chất ức chế cáu cặn từ phần tử màng. Các biện pháp cũng cần được thực hiện để ngăn nước rò rỉ ra khỏi hệ thống và đưa không khí vào, vì có thể xảy ra sự mất mát không thể phục hồi của thông lượng thấm nếu phần tử này mất nước và khô đi.
Nếu thời gian ngừng hoạt động dưới 24 giờ thì không cần áp dụng các biện pháp ngăn chặn sự phát triển của vi sinh vật. Tuy nhiên, nếu thời gian ngừng hoạt động vượt quá quy định nêu trên, nên sử dụng dung dịch bảo vệ để bảo quản hệ thống hoặc hệ thống màng lọc phải được xả thường xuyên.
