Trong nhiều điều kiện đầu vào, về mặt kỹ thuật, việc sử dụng nhựa trao đổi ion hoặcthẩm thấu ngượcvà việc lựa chọn quy trình nên được xác định bằng cách so sánh kinh tế.
Nói chung, hàm lượng muối càng cao, sự thẩm thấu ngược sẽ càng kinh tế. Số lượng càng thấp, trao đổi ion càng kinh tế.
Do sự phổ biến của công nghệ thẩm thấu ngược, sự kết hợp của quá trình thẩm thấu ngược + trao đổi ion hoặc thẩm thấu ngược nhiều giai đoạn hoặc thẩm thấu ngược + công nghệ khử muối sâu khác đã trở thành một giải pháp xử lý nước hợp lý hơn về mặt kỹ thuật và kinh tế được công nhận
